癌癥腫瘤康復-廣東愛硒健康管理有限公司官網【摘要】
晚期乳腺癌預后較差，疾病特征復雜，后線解救治療較為困難，但是通過選擇有效的治療方案，部分患者可以實現長期帶瘤生存，獲得較好的生存質量。近年來，隨著分子生物學和基因檢測技術的飛速發展，晚期乳腺癌相關研究不斷深入，治療手段不斷豐富，基因靶向治療使晚期乳腺癌患者生存期顯著延長。
基因檢測是分子分型診斷、遺傳風險預測、療效監測、耐藥提示以及治療方案選擇的重要手段，對晚期乳腺癌患者的分子病理診斷、靶向藥物選擇以及治療模式優化具有重要意義。
共識專家委員會基于循證醫學證據，歸納晚期乳腺癌基因檢測的熱點問題，深入探討晚期乳腺癌基因檢測的適用人群和臨床意義、不同分子分型患者的檢測基因和分子標志物、循環腫瘤DNA、全外顯子基因檢測的應用，總結規范二代測序技術在臨床中使用的注意事項，指導臨床醫師合理應用基因檢測，為晚期乳腺癌患者提供更全面的基因檢測信息，從而制定更精準的治療策略。
【關鍵詞】乳腺腫瘤；基因檢測；專家共識
乳腺癌是全球女性最常見的惡性腫瘤，2020年全球新發乳腺癌病例約230萬，發病率居全部惡性腫瘤首位。據統計，早期乳腺癌接受手術治療后，仍有30%～50%的患者最終出現局部復發和遠處轉移，除此之外，約有4%～６%的乳腺癌患者在首次診斷時即存在遠處轉移。復發轉移性乳腺癌也稱為晚期乳腺癌，該類患者5年生存率僅為20%，總體中位生存時間為2～3年。
近年來，晚期乳腺癌的臨床治療面臨巨大挑戰，不同類型的晚期乳腺癌應以分子靶向藥物治療為核心開展精準打擊，進一步實現精準醫療。二代測序技術（next generation sequencing， NGS）是精準醫療領域的關鍵技術，具有通量高、靈敏度高、成本低等優勢，是乳腺腫瘤分子分型、遺傳診斷、療效監測、耐藥提示以及治療方案選擇的重要手段。本共識就晚期乳腺癌基因檢測的臨床應用及檢測技術相關的熱點問題進行深入探討。
1. 晚期乳腺癌基因檢測的適用人群和臨床意義
晚期乳腺癌難以治愈，其治療的主要目的為通過優化治療模式、實施個體化治療來延長患者生存時間，提高生活質量。近年來，乳腺癌分子靶向藥物不斷出現，包括靶向雌、孕激素受體的內分泌治療藥物、靶向人表皮生長因子受體2（human epidermal growth factor-2, HER-2）的藥物、PI3K信號通路抑制劑、抗血管生成藥物、靶向乳癌易感基因（breast cancer susceptibility gene， BRCA）1/2突變的多腺苷二磷酸核糖聚合酶（poly ADP-ribose polymerase， PARP）抑制劑、細胞周期蛋白依賴性激酶（cyclin-dependent kinase， CDK）4/6抑制劑和免疫檢查點抑制劑等。
晚期乳腺癌患者腫瘤或胚系的基因突變信息可以輔助臨床醫師對腫瘤患者進行精準分型和治療靶點的精確定位，提示藥物敏感和耐藥，有助于治療策略制定和臨床藥物選擇。對在藥物治療過程中出現疾病進展的患者再次進行基因檢測，有助于臨床醫師對患者采取更精準的治療措施。
2020年8月，歐洲腫瘤醫學學會發布了全球首個轉移性惡性腫瘤患者NGS指南，強烈建議臨床研究中心在晚期腫瘤的分子篩選過程進行多基因測序，增加患者使用新藥物的機會并加速臨床研究。SAFIR01和UNICANCER研究是一項利用比較基因組雜交陣列及DNA測序指導晚期乳腺癌精準治療的研究，結果顯示，46%（195/423）的患者存在潛在靶向藥物的基因組突變，在46例可評估并接受靶向治療的患者中，9%有客觀反應，21%病情穩定超過16周。
基于乳腺癌臨床實踐及藥物研發現狀，推薦經濟條件允許、病理標本可及的晚期乳腺癌患者進行全面的基因檢測。不同分子亞型晚期乳腺癌患者基因突變特征有共性也有特性，本文將根據不同分子分型介紹晚期乳腺癌的基因檢測。
對于經濟條件允許、病理標本可及的晚期乳腺癌患者進行全面的基因檢測，尤其是對于標準治療后出現疾病進展的患者，基因檢測可以作為臨床策略的一部分，有助于臨床醫師對患者采取更精準的治療措施，為患者提供更多的治療機會。
2. 激素受體（hormone receptor, HR）陽性患者應該進行哪些基因和生物標志物的檢測
HR陽性乳腺癌是指雌激素受體（estrogen receptor， ER）、孕激素受體（progesterone receptor， PR）中至少1種受體為陽性的乳腺癌患者，約占全部乳腺癌患者的70%以上。對于HR陽性的晚期乳腺癌患者，內分泌治療為主要治療手段，但是幾乎所有的內分泌治療在數年后都會發生耐藥，主要的耐藥機制包括雌激素受體α基因（estrogen receptor alpha gene， ESR1）的獲得性突變、CDK4/6的組成性激活、PI3K/AKT/mTOR信號通路激活等。
體外研究表明，CYP2D5基因功能缺失突變、ESR1獲得性突變、ER及其信號相關通路異常活化均與內分泌治療耐藥有關。30%的HR陽性轉移性乳腺癌患者中，ESR1編碼的ER結合結構域可能存在激活突變，并且，ESR1突變型乳腺癌可能會對內分泌治療產生抵抗，對靶向治療的反應較好。
在內分泌藥物選擇方面，對于具有ESR1突變的HR陽性晚期乳腺癌患者，含氟維司群方案明顯優于依西美坦單藥方案，患者的無進展生存時間（progression-free survival， PFS）顯著延長。對于芳香化酶抑制劑（aromatase inhibitor, AI）治療后進展的HR陽性HER-2陰性乳腺癌患者，約為40%存在PIK3CA基因突變。
Ⅲ期臨床研究BELLE-2和SOLAR-1顯示，PIK3CA突變患者應用氟維司群聯合PI3KCA抑制劑可顯著獲益（BELLE-2研究中，氟維司群聯合Buparlisib和氟維司群聯合安慰劑組患者中位PFS分別為6.8和4.0個月；SOLAR-1研究中，氟維司群聯合Alpelisib和氟維司群聯合安慰劑組患者中位PFS分別為11.0和5.7個月）。
因此，對于HR陽性HER-2陰性的絕經后乳腺癌患者，建議檢測PI3KCA突變狀態進一步指導治療。CDK4/6抑制劑聯合內分泌治療已成為HR陽性患者的一線優選方案。Cyclin D-CDK4/6-INK-Rb通路異常則可能與CDK4/6抑制劑耐藥相關，一項大規模轉移性乳腺癌體細胞突變研究顯示，在HR陽性HER-2陰性轉移性乳腺癌患者中，TP53、ESR1、GATA3、KMT2C、NCOR1、AKT1、NF1、RB1突變率較高，可能與潛在耐藥有關。CYP2D6基因是細胞色素酶P450家族的一種重要代謝酶。
研究顯示，CYP2D6基因多態性可以指導他莫昔芬用藥，CYP2D6*10 T/T基因型患者的他莫昔芬活性代謝產物4-羥-N-去甲基他莫昔芬的血漿濃度顯著降低，具有更差的臨床結局。一項針對中國人群的研究顯示，在CYP2D6*10 T/T基因型患者中，接受托瑞米芬輔助治療患者的5年無病生存時間（disease-free survival， DFS）顯著優于他莫昔芬組（分別為90.9%和67.9%，P=0.031）。
有研究表明，對于Luminal A型乳腺癌患者，rs6484711多態性調節ABTB2表達可以預測表柔比星為基礎的新輔助化療療效。這些結果為基因變異在個體化化療中的潛在作用提供了有價值的信息。成纖維細胞生長因子受體（fibroblast growth factor receptor, FGFR）是分布廣泛的跨膜酪氨酸激酶受體，乳腺癌中常發生其通路異常。
有研究報道，約19%的ER陽性患者攜帶FGFR1突變，FGFR抑制劑治療FGFR1/2/3擴增的ER陽性HER-2陰性轉移性乳腺癌的療效顯著。PARP抑制劑奧拉帕利和他拉唑帕尼對BRCA1/2或PALB2突變晚期乳腺癌患者有較高的臨床反應率（＞60%）。
程序性死亡受體1（programmed cell death-1, PD-1）抑制劑（帕博利珠單抗）治療微衛星高度不穩定性（microsatellite instability high， MSI-H）的實體腫瘤和NTRK抑制劑（恩曲替尼）治療NTRK融合的實體腫瘤，均已獲得美國食品藥品監督管理局（Food and Drug Administration, FDA）批準，HR陽性晚期乳腺癌也可能存在MSI-H和NTRK融合的特征。
HR陽性晚期乳腺癌患者主要以內分泌治療和靶向治療為主。對于HR陽性患者，需要關注內分泌治療耐藥相關基因突變（ESR1、CYP2D6、CyclinD-CDK4/6-INK-Rb通路、PI3K/AKT/mTOR通路等），患者可根據基因檢測選擇可能獲益的藥物如氟維司群、托瑞米芬、PI3K抑制劑、mTOR抑制劑、奧拉帕利（BRCA1/2）、FGFR抑制劑（FGFR1/2/3）、帕博利珠單抗（PD-1）、恩曲替尼（NTRK融合）。
3. HER-2陽性乳腺癌的患者應該進行哪些基因和生物標志物檢測
HER-2陽性乳腺癌約占全部乳腺癌患者的20%以上。目前，抗HER-2單抗、小分子酪氨酸激酶抑制劑及抗體偶聯藥物的升級逐步提升了HER-2陽性患者的治療效果。然而，晚期患者仍然進展較快，較易出現耐藥。
有研究表明，HER-2基因突變可能是導致HER-2陽性乳腺癌患者原發或繼發耐藥的原因，其潛在耐藥機制包括不完全阻斷HER-2受體，激活HER家族內的代償機制（HER-3），激活替代受體酪氨酸激酶（IGF-1R、MET），過度激活HER-2下游信號級聯（PI3K/AKT/mTOR通路）和抑制腫瘤抑制基因（PTEN），其他下游信號級聯激活包括ER和HER-2與細胞周期蛋白Cyclin D1-CDK4/Rb軸之間的雙向調控。
一項Ⅰ期研究結果顯示，阿培利司和T-DM1聯合治療在曲妥珠單抗耐藥的HER-2陽性晚期乳腺癌患者中安全性和有效性較好，客觀緩解率（objective response rate， ORR）為43%，中位PFS為8.1個月。
另外，PANACEA研究中，學者評估了HER-2陽性晚期乳腺癌接受帕博利珠單抗聯合曲妥珠單抗的療效，程序性死亡受體配體1（programmed cell death-ligand 1, PD-L1）陽性患者的ORR更優（15%）。因此，對于PD-L1陽性、曲妥珠單抗耐藥的HER-2陽性晚期乳腺癌患者，帕博利珠單抗可能作為治療選擇之一。
另有研究表明，液態活檢可以動態判斷腫瘤基因組的異質性，而循環腫瘤DNA可能預測吡咯替尼治療HER-2陽性晚期乳腺癌患者的療效。
HER-2陽性晚期乳腺癌患者需檢測HER-2突變狀態以協助選擇后線治療藥物。全面評估HER-3、MET、PTEN及PI3K/AKT/mTOR等耐藥相關基因突變及PD-L1蛋白表達情況，可輔助HER-2通路以外的臨床方案制定，如PIK3CA抑制劑或免疫檢查點抑制劑治療。
4. 三陰性乳腺癌（triple negative breast cancer, TNBC）應該進行哪些基因和生物標志物的檢測
TNBC約占全部乳腺癌的15%～20%，是臨床預后較差的一個亞型，是精準靶向治療的重點和難點。目前，TNBC潛在的治療靶點有PI3K/AKT/mTOR、BRCA1/2、FGFR1/2/3等。約10%～15%的TNBC存在胚系或體系BRCA1/2突變，對于鉑類化療以及PARP抑制劑顯示出更高的療效。
Ⅲ期臨床試驗OlympiAD結果顯示，對于胚系BRCA1/2突變的晚期TNBC，奧拉帕利較化療能夠降低57%的疾病進展或死亡風險（HR=0.43，95% CI：0.29～0.63）。在LOTUS研究中，學者通過NGS檢測發現，41%（42/103）的TNBC攜帶PIK3CA/AKT1/PTEN通路相關突變，此類患者增加PIK3CA抑制劑Ipatasertib有顯著獲益。
FUTURE研究中，學者通過對晚期耐藥性TNBC進行全面的基因檢測，結果顯示，難治性TNBC中最常見的突變基因包括TP53（72%）、PIK3CA（18%）、PTEN（10%）、KMT2D（9%）和TSC2（9%），其中對于富含HER-2基因突變的晚期TNBC患者，接受吡咯替尼聯合卡培他濱治療可能獲益；免疫調節型晚期TNBC患者接受卡瑞麗珠單抗聯合白蛋白紫杉醇顯示出良好療效，ORR可達到52.6%。
化療方面，有研究表明，DNA氧化損傷相關的堿基切除修復通路單核苷酸多態性突變（如PARP2基因rs878156）患者對蒽環類化療藥物敏感，生存時間延長。
化療是TNBC患者最主要的治療方式，通過評估胚系單核苷酸多態性如DNA氧化損傷相關的堿基切除修復通路為TNBC患者選擇敏感的化療藥物。TNBC患者BRCA1/2、PIK3CA/AKT1/PTEN通路等基因突變頻率較高，且可相應選擇PARP抑制劑、AKT抑制劑等靶向治療和免疫檢查點抑制劑的治療。
近年來，免疫治療已成為晚期乳腺癌治療領域中最具前景的治療方式之一。DNA錯配修復（mismatch repair， MMR）缺失、MSI-H和高腫瘤突變負荷（tumor mutation burden, TMB，≥10 Muts/MB）作為免疫治療分子標志物也相繼獲批用于治療無替代治療方案的晚期實體瘤患者。
免疫單藥治療晚期轉移性TNBC，PD-L1陽性表達的患者ORR為4%～23%，優于PD-L1陰性亞組。KEYNOTE-355研究顯示，在晚期轉移TNBC PD-L1陽性患者中，一線應用帕博利珠單抗聯合化療與單獨化療相比，總生存時間得到了顯著和有臨床意義的改善。
此外，多種腫瘤免疫治療過程中存在免疫超進展和免疫耐藥的情況，因此，還應該關注相關基因（EGFR、MDM2/4等、JAK1/2、B2M等）突變情況。對于需要進行免疫治療的晚期乳腺癌患者，需要全面評估腫瘤的免疫治療相關生物標志物和潛在受益或風險標志物（表1）。
晚期乳腺癌患者進行全面的免疫相關標志物評估，包括PD-L1表達、MSI/MMR、TMB等，同時也需關注免疫超進展和免疫耐藥相關基因的檢測，如EGFR、MDM2/4等、JAK1/2、B2M等。
6. 晚期乳腺癌患者是否需要循環腫瘤DNA(circulating tumor DNA, ctDNA)檢測及其臨床應用
ctDNA由腫瘤細胞和循環腫瘤細胞等凋亡、壞死后釋放到血管中的游離DNA片段組成，其檢測具有敏感性、均質性、實時性等優點，在腫瘤的復發預測、耐藥監測及用藥指導方面具有重要意義。基于組織的NGS是獲得腫瘤突變信息的金標準技術，然而，ctDNA作為非侵入性基因檢測方式成為組織不可及的晚期乳腺癌基因檢測的替代方法。
近年來，利用ctDNA進行基因組分析在晚期乳腺癌患者的個性化治療中發展迅速。plasmaMATCH研究顯示，在晚期乳腺癌中，ctDNA檢測結果可靠（和組織活檢結果相比準確率達到98%），并可根據ctDNA的特定突變指導患者匹配相應治療，HER-2突變和AKT1突變患者接受匹配的治療的疾病緩解率分別為25%（5/20）和22%（4/18）。
有研究顯示，ctDNA比蛋白指標和影像學更靈敏，可提前3～6個月發現晚期乳腺癌腫瘤的擴散和復發。2020年8月，FDA批準首個基于NGS的液體活檢伴隨診斷產品上市，用于泛實體瘤的全面基因組分析，NCCN乳腺癌指南也對ctDNA檢測進行了推薦。
ctDNA檢測作為重要的液態活檢技術，作為組織檢測的替代方法可有效評估晚期乳腺癌的腫瘤突變負荷和分子特征，對解決臨床檢測取樣困難、克服腫瘤異質性、選擇有效治療方法及用藥動態監測等均具有一定的臨床應用價值。
7. 晚期乳腺癌患者是否需要進行全外顯子基因檢測
全外顯子組測序（whole exome sequencing， WES）可反映全部編碼區基因突變的情況。對于科研探索，WES可提供更全面的腫瘤突變特征和上下游信號通路信息，輔助發現靶向耐藥機制，及時提示新的靶向藥物敏感位點，為晚期乳腺癌研究提供更加全面和重要的信息。目前臨床常見的檢測包含幾十至幾百個基因，根據已明確的跟腫瘤發生發展密切相關的基因設計靶向測序，性價比更高，更具可及性。
以TMB檢測為例，基于WES的回顧性研究顯示，TMB水平高的患者在抗CTLA-4和PD-L1治療后，腫瘤緩解和生存獲益更優。WES是TMB計算的金標準，有研究證明，基于大panel（編碼區≥0.8 Mb）檢測計算的TMB具有與WES高度的一致性。目前多基因檢測能夠基本滿足晚期乳腺癌患者的用藥和診療需求，WES能夠進一步滿足臨床科研探索和數據挖掘。
WES可全面高效地了解腫瘤患者的疾病全貌，在腫瘤發病機理及上下游信號通路信息等方面為科研探索提供重要信息。500個基因以上基因檢測基本可滿足患者精準的用藥指導、耐藥機制等信息需求，可作為一般患者的替代選擇。
根據檢測目的可以選擇體系突變檢測和胚系突變檢測。體系突變檢測一般采用手術切除或穿刺組織（甲醛固定和石蠟包埋組織切片）、血液、胸腹水以及腦脊液來進行檢測；胚系突變檢測則一般采用血液進行檢測，還可選擇唾液、口腔拭子（口腔上皮細胞）等樣本。
晚期乳腺癌患者在基因檢測時盡量選用手術或穿刺新鮮組織（如腫瘤組織不可及，可以考慮血漿ctDNA、胸腹水及腦脊液）。不同樣本要求詳見表2。為保證胚系突變能夠精準過濾，在基因檢測時最好提供外周血進行白細胞對照，以獲得準確的腫瘤細胞特有突變。
晚期乳腺癌患者基因檢測，優先選擇對新鮮組織進行檢測，如組織不可及可考慮石蠟包埋組織切片、血漿、胸腹水等。為保證腫瘤突變特異性檢出，在基因檢測時最好提供外周血白細胞進行對照。
2014年，《關于開展高通量基因測序技術臨床應用試點單位申報工作的通知》（國衛醫醫護便函［2014］44號）的頒布標志著我國正式啟動了對NGS臨床檢測工作的監管。可信的NGS檢測平臺應具有完整的樣本處理和檢測、生信分析、突變解讀及臨床檢測報告出具全流程體系及按照美國病理學會（College of American Pathologists， CAP）、ISO15189準則等國際標準搭建的實驗室質量管理體系。
二代測序試劑盒和標準品應選擇國家藥品監督管理局認可的產品，實驗試劑以及實驗流程要有嚴格的試劑標準操作規程。測序機構應選擇通過國內外各項機構［國家衛生健康委員會臨檢中心（National Center for Clinical Laboratories， NCCL）、CAP和歐盟分子遺傳實驗質控網（European Molecular Genetics Quality Network， EMQN）］認證的、室間質評合格的平臺。
突變解讀標準和規范可參照《美國醫學遺傳學與基因組學學會及美國分子病理學會序列突變解讀標準和指南》、《美國分子病理學會、美國臨床腫瘤學會及美國病理學協會癌癥序列突變解讀和報告的標準和指南（2017版）》和《BRCA數據解讀中國專家共識》。
目前，我國還沒有建立起完善的基因檢測公司技術標準及市場準入標準，正規的基因檢測機構應具有《醫療機構執業許可證》、《醫療器械生產許可證》及《醫療器械經營許可證》等相關資質認證。
基因檢測應選擇資質齊全、技術實力雄厚、后續服務能力強的正規基因檢測機構，檢測機構的各項檢測流程需通過NCCL、EMQN和CAP等機構認證，確保檢測結果準確。
在生物信息學分析和遺傳解讀過程中，應使用基因-人群數據庫、基因-疾病和基因-藥物關聯性數據庫等（表3），這些數據庫是以西方人群為主建立的，由于基因多樣性，不同種族的基因突變可能不同，這些數據庫類型不一定適合中國人群。
根據國際抗癌聯盟《國際癌癥雜志》研究報告顯示，中國遺傳性乳腺癌和卵巢癌患者的胚系BRCA1/2突變具有高度的種族特異性。也有研究表明，中外乳腺癌突變譜差異主要集中在HR陰性HER-2陰性型中，中國乳腺癌患者具有獨特的胚系突變特征，并顯著影響腫瘤的臨床特征和分子特征。
亞洲乳腺癌合作小組通過對多組研究數據進行分析，發現患有乳腺癌的絕經前亞洲婦女有著獨特的疾病特征，并可能受益于與國際指南略有不同的治療。
目前國內研究者在疾病數據分析中使用的是國際通用數據庫（如ClinVar、COSMIC、OncoKB），這類數據庫多為國外研究機構創建，樣本多來源于西方人群。中西方不同人群間存在基因差異，國際通用數據庫用于中國人群的疾病分析缺乏針對性，結果的參考意義在一定程度上受到影響。
基于NGS的精準醫療正在成為醫療領域的新模式，隨著對晚期乳腺癌認識的不斷加深，合理應用基因檢測，對于晚期乳腺癌患者的療效預測、預后評估及耐藥機制的探索將會發揮更加重要的作用。
執筆專家
袁芃（國家癌癥中心 國家腫瘤臨床醫學研究中心 中國醫學科學院北京協和醫學院腫瘤醫院特需醫療部）
康一坤（國家癌癥中心 國家腫瘤臨床醫學研究中心 中國醫學科學院北京協和醫學院腫瘤醫院內科）
共識專家組成員（按姓氏漢語拼音字母排序）
陳德滇（云南省腫瘤醫院乳腺病科）
程晶（武漢協和腫瘤中心醫院乳腺腫瘤科）
馮繼鋒（江蘇省腫瘤醫院腫瘤內科）
康一坤（國家癌癥中心 國家腫瘤臨床醫學研究中心 中國醫學科學院北京協和醫學院腫瘤醫院內科）
郎榮剛（天津醫科大學腫瘤醫院病理科）
黎莉（山東齊魯醫院腫瘤內科）
厲紅元（重慶醫科大學附屬第一醫院內分泌乳腺外科）
劉強（中山大學孫逸仙紀念醫院乳腺外科）
陸勁松（上海交通大學附屬仁濟醫院乳腺外科）
歐陽取長（湖南省腫瘤醫院乳腺內科）
孫萍（煙臺毓璜頂醫院腫瘤內科）
佟仲生（天津醫科大學腫瘤醫院腫瘤內科）
肖春花（天津醫科大學腫瘤醫院乳腺外科）
徐玲（北京大學第一醫院乳腺外科）
徐兵河（國家癌癥中心 國家腫瘤臨床醫學研究中心 中國醫學科學院北京協和醫學院腫瘤醫院藥物臨床試驗研究中心）
楊升（福建醫科大學附屬協和醫院腫瘤內科）
楊碎勝（甘肅省腫瘤醫院乳腺科）
姚峰（武漢大學人民醫院乳腺甲狀腺外科）
姚永強（大連大學附屬中山醫院乳腺外科）
袁芃（國家癌癥中心 國家腫瘤臨床醫學研究中心 中國醫學科學院北京協和醫學院腫瘤醫院特需醫療部）
張國君（廈門大學附屬翔安醫院）
張宏艷（解放軍總醫院第三醫學中心腫瘤科）
張清媛（哈爾濱醫科大學附屬腫瘤醫院乳腺內科）
趙文和（浙江大學醫學院附屬邵逸夫醫院腫瘤外科）
周毅（哈爾濱醫科大學附屬第一醫院乳腺外科）
來源：中華腫瘤雜志
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